《忍者终结者 SE》讲述了一个发生在近未来的新埼玉市的故事，这里是忍者的天下，他们为了争夺忍者灵魂的力量，进行着残酷的斗争，无视普通市民的生命。主角是一位普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神秘的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！他的首要目标是黑暗忍者，一个邪恶的忍者组织，他们掌握了大量的忍者灵魂，妄图统治整个新埼玉市。黑暗忍者的首领是风暴杰克逊，一个拥有超强忍者力量的黑色跑车，他是藤木户的死敌，也是杀害他妻子的凶手。藤木户为了对付黑暗忍者，不惜与其他的忍者组织结盟，如火焰忍者、水忍者、电忍者等，他们都有着各自的目的和信念，但都不愿意屈服于黑暗忍者的统治。在他的复仇之路上，藤木户遇到了一些有趣的角色，他们都对他的命运产生了影响。其中最重要的是南希·李，一个美丽的女忍者，她是一个自由的赏金猎人，专门追捕有价值的忍者，她和藤木户有着一见钟情的感觉，但也有着不可告人的秘密。还有矢本小季，一个可爱的女高中生，她是一个忍者迷，对忍者的一切都充满了好奇和热情，她无意中卷入了忍者斗争，成为了藤木户的助手和朋友。还有由佳乃，一个神秘的女忍者，她是一个古老的忍者家族的传人，她拥有着强大的忍者力量，但也背负着沉重的使命和责任，她和藤木户有着不解之缘，也是他的竞争对手。《忍者终结者 SE》是一部充满了动作、搞笑、恋爱、悬疑和惊悚的动画剧，它以近未来的赛博朋克风格为背景，展现了一个忍者的世界，让观众感受到了忍者的魅力和恐怖。它也是一部充满了创意和想象的动画剧，它以FLASH动画为主要表现手法，穿插了正常的作画和意味不明的忍杀语，让观众感受到了一种前所未有的视觉冲击和笑点。它也是一部充满了情感和主题的动画剧，它通过藤木户的成长和转变，展现了一个关于复仇、正义、信念和爱情的故事，让观众感受到了一种超越忍者的东西。